Beim Pogrom des Jahres 1096, das durch fanatisierte Teilnehmer des Ersten Kreuzzugs verursacht wurde, kamen elf Mitglieder der jüdischen Gemeinde ums Leben. Ein Großteil der Gemeindemitglieder hatte allerdings in der bischöflichen Burg nördlich des Domes Zuflucht gefunden. Das Eingreifen des Speyerer Bischofs Johann hatte in Speyer (im Gegensatz zu den meisten anderen jüdischen Gemeinden des Reiches) ein schlimmeres Unglück verhindert. In der hebräischen Chronik eines mit Namen nicht bekannten Mainzer Juden, die zwischen 1097 und 1140 entstand, wird über die Ereignisse berichtet. Der Schreiber hebt die positive Rolle des Speyerer Bischofs Johann hervor, ebenso die des Speyerer Gemeindevorstehers Mosche ben Jekuthiel. Mosche erwirkte bei Kaiser Heinrich IV. eine Rückkehr der zwangsgetauften Juden zu ihrem Glauben und schuf damit die Grundlage für die Reorganisation vieler Judengemeinden des Reiches.
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